Формально пергамент здесь подлежащее, выстилается – сказуемое. Не всегда в предложении подлежащим является агенс (т. е. производитель действия); слово, обозначающее пассивный объект, на который направлено действие, тоже может стоять в позиции подлежащего, как в данном примере.
Ср. два предложения: Мальчик съел мороженое и Мороженое съедено мальчиком. В обоих примерах агенс один и тот же – мальчик. Но в первом примере это подлежащее, а во втором примере – дополнение; подлежащее во втором примере – мороженое.
Верно: запеченный в пергаменте судак.
В обоих случаях ставится запятая.
Правильно написание с маленькой буквы.
Это рассуждение неверно, поскольку в русском языке, в отличие от многих других языков (например, польского или французского) ударение не фиксированное.